Auf zwei Ebenen präsentiert das Missionsmuseum in St. Ottilien seine Sammlungsbestände.
 
Im Erdgeschoss sind neben den Tierpräparaten in erster Linie Schmuck, Kleidung und Werkzeug aus Ostafrika zu bewundern.
 
Im Untergeschoss erwartet den Besucher zunächst eine umfangreiche Sammlung von Schmetterlingen und Vögeln, überwiegend aus Afrika. Eine weitere Abteilung präsentiert afrikanische Speere, Masken und Figuren sowie Musikinstrumente.

In einem kleinen Gedenkraum werden persönliche Gegenstände von Missionaren gezeigt, die während ihres Missionseinsatzes zu Tode kamen.

Den Abschluss des Rundgangs durch das Museum bildet die bemerkenswerte Korea-Sammlung mit einzigartigen Kunstwerken, aber auch Kleidung, Spielen und religiösen Objekten.